Управление Фондом «Нансен-центр» осуществляют:
- Общее Собрание Учредителей
- Директор Фонда
- Президент Фонда
Общее Собрание Учредителей является высшим коллегиальным органом управления Фондом и состоит из равного числа представителей каждого из его учредителей.
Попечительский Совет является органом, осуществляющим контроль за деятельностью Фонда и его должностных лиц, включая научную и финансовую деятельность, а также надзор за соблюдением Фондом законодательства.
Руководство Нансен-центра:

Президент
Канд. физ.-мат.. наук, Бобылев Леонид Петрович

Со-Президент
Докт. физ.-мат.наук., проф. Валентин Петрович Мелешко
Г.н.с., Главная геофизическая обсерватория им. А.И. Воейкова, Санкт-Петербург, Россия

Директор
Докт. геогр.наук, Башмачников Игорь Львович